La historia de Alustante, como la de tantos otros pueblos del Señorío de Molina y de la Sierra de Albarracín, al menos desde la Edad Media hasta mediados del siglo XX, está condicionada por la ganadería, la emigración temporal a Andalucía durante los meses de invierno y la frontera castellano-aragonesa.

De las épocas prehistórica y protohistórica apenas se ha investigado nada en el término de Alustante, si bien se conocen algunos poblados celtibéricos en el cerro de Castildelobos, datado en el siglo IV a.C y en las inmediaciones de la ermita de Santa María de Cirujeda, donde las prospecciones han detectado presencia de cerámica no muy diferente a la de Castildelobos. En este último yacimiento se han encontrado piezas, como un puñal romano, que permiten detectar la continuidad de poblamiento en este cerro hasta, al menos, los siglos II-III d.C. De las épocas romana, visigoda y musulmana apenas se encuentran restos en la zona, si bien el propio nombre de Alustante parece ser una hibridación de palabras germánicas y árabes.

Ya en época medieval se comienzan a tener noticias de esta aldea, dependiente hasta principios del siglo XIX del concejo de Molina de Aragón. Parece ser que sus orígenes medievales se encuentran en un pequeño vico creado alrededor del castillo que al mismo tiempo funcionaba como torre parroquial. A finales del siglo XIII (1293), Alustante es nombrado en el testamento de la condesa Dª Blanca Alfonso, quinta señora de Molina y Mesa, y ya en 1353, aparece Alustante en una relación de rentas eclesiásticas de la Iglesia de Sigüenza como la parroquia aldeana del arciprestazgo de Molina con mayor número de beneficios. En el siglo XV los vecinos de Alustante intervienen activamente en los asuntos del Común de aldeas de Molina, institución fundada a mediados del siglo XIII con el fin de equilibrar el poder feudal que ejercía Molina el centenar de aldeas de su término, meros barrios suyos. Es de destacar la intervención de Sancho Lópes de Alustante como procurador del Común en el deslinde de la tierra de Molina y la de Albarracín entre 1402 y 1407.

En el siglo XVI Alustante crece considerablemente, tanto demográfica como económicamente, crecimiento producido por un incremento del comercio lanero desde la segunda mitad del siglo anterior. Muestra de este esplendor es la magnífica iglesia renacentista. Sin embargo, es necesario decir que la dedicación a la lana y a la ganadería trashumante estaba controlada por una minoría enriquecida, lo cual suponía que la mayor parte de la población del común de la aldea eran pequeños propietarios labradores y criados de estos verdaderos magnates del ganado.